上海交通大学燃料电池研究所成立于1998年，是国内第一家在高校成立的专业燃料电池研究机构，为适应国家能源发展战略与需求，加强学能源学科平台建设，2008年燃料电池研究所从上海交通大学电子信息与电气工程学院划归到机械与动力工程学院。2012年，第八至十届全国人大常委，金利来集团主席和创始人曾宪梓博士捐赠港币500万元，支持上海交通大学教育事业，故学校决定将燃料电池研究所所在楼宇命名为“曾宪梓楼”。
在国家教育部、科技部、上海交通大学、上海市科委、上海汽车集团、法国标致集团、上海电气集团等支持下，近年来研究所陆续开展了质子交换膜燃料电池(PEMFC)、固体氧化物燃料电池(SOFC)、直接甲醇燃料电池(DMFC)以及锂电池、锂空气电池、全钒液硫等储能电池相关研究工作。研究范围覆盖相关电化学催化机理、关键材料、电池部件和系统开发多个方面。
研究所的项目主要来自科技部重大专项，“863”和“973”计划、国家自然科学基金重点和面上项目、国家自然科学基金青年项目、上海市自然科学基金、上海市科委、上海市教委、欧盟框架计划、各类企业合作等。目前年科研经费约为1000万，且逐年递增。
燃料电池研究所历任所长为上海交通大学副校长，黄震教授和上海交通大学电子信息与电气工程学院教授，曹广益博士。现任所长为国家“***计划”专家、上海交通大学“致远”讲席教授、上海交通大学机械与动力工程学院副院长，章俊良教授。
